Ειναι η κωμόπολη & το μεγαλύτερο λιμάνι της Κεφαλονιάς καθώς & τουριστικό κέντρο. Στη θέση του σημερινού οικισμού έχουν βρεθεί υπολείμματα κατοίκησης από την Πρωτοελλαδική περίοδο. Στον λόφο Κράνης στους Άγιους Θεόδωρους, έχουν βρεθεί λείψανα μυκηναϊκού οικισμού.Στα γεωμετρικά χρόνια εντοπίζονται οι απαρχές μιας πόλης κράτους. Η αρχαία Σάμη ήταν μια από τις τέσσερις πόλεις-κράτη της Κεφαλονιάς (οι άλλες ήταν η Κράνη, οι Πρόννοι και η Πάλη) και ήλεγχε το ανατολικό τμήμα του νησιού. Όπως και οι άλλες πόλεις του νησιού, ήταν αυτόνομη και έκοβε δικό της νόμισμα. Στις δύο φυσικές οχυρές θέσεις που διαθέτει, δύο λόφοι στα ανατολικά του σύγχρονου οικισμού, βρισκόταν η οχυρωμένη ακρόπολη και η κλασική πόλη, η οποία είναι κτισμένη σε μεγάλα τετράγωνα. Τα οχυρωματικά έργα σώζονται μέχρι σήμερα και αποτελούν χαρακτηριστικό παράδειγμα οχυρώσεων των κλασσικών και ελληνιστικών χρόνων. Θεμέλια κτιρίου που έχουν ταυτιστεί με ναό βρίσκονται στη θέση Αλποβούνι.[
Η Σάμη κατακτήθηκε ύστερα από πολιορκία το 188 π.Χ. από τους Ρωμαίους[ οι οποίοι έτσι κατέκτησαν όλη την Κεφαλονιά. Επί των ρωμαϊκών χρόνων, η Σάμη ακμάζει ξανά. Το λιμάνι μετακινείται στη θέση Λουτρά και οχυρώνεται. Στη Σάμη κατασκευάζονται δημόσια οικοδομήματα, λουτρικές εγκαταστάσεις, κοινωφελή έργα και πολυτελείς ιδιωτικές κατοικίες με ψηφιδωτά. Από τα τέσσερα νεκροταφεία της προέρχονται πλούσια και εντυπωσιακά ευρήματα. Από εκείνη τη περίοδο σώζεται το Ρακόσπιτο, το οποίο μάλλον ήταν λουτρό
Η πόλη παρήκμασε και τελικά εγκαταλήφθηκε εξαιτίας των πειρατικών επιδρομών κατά τον 5ο και 6ο μ.Χ. αιώνα και των σεισμών.
Ο παράλιος οικισμός επανεμφανίσθηκε τον 18ο αιώνα με την ονομασία «ρίβα της Σάμος» .